Космический линкор Ямато

В 2199 году Землю атакует инопланетная раса из Империи Гамилус, возглавляемая Лордом Деслером, с целью захвата планеты. Используя радиацию, которая является их естественной средой обитания, они обстреливают поверхность Земли радиоактивными астероидами, делая ее непригодной для жизни. В результате человечество вынуждено укрыться под землей, но и подземные города становятся непригодными из-за воздействия радиации.

Тем временем на Марсе происходит крушение космического корабля другой цивилизации. Сусуму Кодай и Дайсукэ Сима, находясь на борту, обнаруживают погибшую девушку, которая несет послание от правительницы планеты Искандер. Согласно расшифрованному посланию, Искандер предлагает помощь людям в борьбе с космической угрозой и приглашает их на свою родную планету, где существует устройство, способное очистить Землю от радиоактивного загрязнения. Вместе с посланием были предоставлены инструкции по созданию мощного космического двигателя.