В далеком 2199 году человечество сражается с ужасающей инопланетной расой, известной как Гамилус. Планеты падают перед их мощью, и Земля оказывается следующей на очереди. Ямато, наш главный герой, сражается на своем мощном космическом линкоре, пытаясь спасти человечество от неминуемой гибели. Но враг устроил метеоритный дождь, и огромные железо-каменные глыбы обрушились на Землю, уничтожив все живое.
Смертельная доза радиации распространилась по планете, добивая то, что еще оставалось от выживших. Люди были обречены на верную смерть, поскольку силы врага превосходили человеческие в сто раз. Однако, из дальнего уголка галактики развитая цивилизация Искандар не могла оставаться безучастной. Они решили помочь людям выжить и передали им тайное сообщение о возможности преодолеть миллиарды световых лет пространства, при условии постройки мощного двигателя и корабля. Линкор Ямато идеально подходит для этой миссии, и люди начали его восстанавливать в соответствии с инструкцией Искандара. Вместе они смогут преодолеть огромное пространство и опасности, встречая на своем пути, чтобы спасти то, что осталось от человечества и найти новый дом.