В мире, где технологии и магия сосуществуют, находится город Академия-Сити. Западнее столицы Японии, этот город изобилует передовыми открытиями и экспертами в различных областях. Однако, среди этой суеты, есть один ученик, которого считают особенным. Его имя Тома, и у него есть необычная способность в его правой руке - она способна разрушить магию любого рода. Как только его рука касается магических сил, они мгновенно исчезают, и с ними исчезает удача Томы.
Однажды, в тот прекрасный день, Томе пришлось выйти на балкон. И там он увидел девушку, сидящую на периле. На ней были одежды монахини, и она рассказала, что она является монашкой из города Несессариус. Этот город скрывает секретное магическое отделение, принадлежащее английской церкви. Имя девушки было необычным - Индекс. Но самое интересное было внутри ее разума - книги, которые запретила церковь. Встреча с Индексом стала началом серии событий, приводящих к конфликту между магами и экспертами, в котором никто не знает, кто выйдет победителем.