В недалеком будущем, когда мир окутан туманом неопределенности, возникает огромное поле возможностей. Однако, среди них всегда таится трагическая угроза. После Скайфола, когда мир был поражен ужасной катастрофой, появилась орбитальная космическая колония, которая мгновенно разрушилась и врезалась в поверхность планеты, образовав огромный кратер. Это место стало домом для существ, известных как кайдзю, порожденных генетическими мутациями. Человечество оказалось под угрозой со стороны этих мутантов, и нам предстоит раскрыть тайну происхождения этой катастрофы и найти способ защититься.
Главный герой нашей истории - Рэй, который является аватаром, ощущающим сильное желание исследовать место столкновения. Он пытается собрать оставшиеся семена и не знает, что произошла катастрофа, что делает его жизнь особенно опасной. Внутри кратера, спустя некоторое время, он обнаруживает девочку по имени Мил. Однако, он не может определить, кто она на самом деле. Может быть, она всего лишь человеком? Чтобы раскрыть все тайны этого места и понять причину столкновения с планетой, Рэй решает сопровождать Мил. Вместе они должны столкнуться с шокирующей правдой, которую скрывает этот кратер и его обитатели.