В этом захватывающем аниме раскрывается эпическая история звездной войны, в которой сталкиваются два могущественных мира - люди и инопланетяне. Когда враги с небес атакуют нашу планету, земляне вынуждены строить космические корабли и отправляться в неизведанные просторы Вселенной в поисках нового дома. В этой войне, каждое сражение зависит от талантов и силы отдельных личностей, и продвижение технологий происходит со скоростью света.
События разворачиваются в двухтысячных годах, спустя восемь лет после событий Макросс Фронтира. Отважные воины собирают команду под названием "Валькирия", в которую входят девушки-пилоты, возглавляемые обаятельной Микумо. Вместе с ними сражаются члены команды "Дельта". Но неожиданно на сцену выходит новый герой - загадочный Хаятэ, скитающийся по космосу в поисках новых приключений. Встреча с девушками из команды "Валькирия" переворачивает его жизнь с ног на голову. Соединив свои силы, им придется сразиться с таинственным существом, пожирающим все на своем пути в галактике.