После окончания Второй мировой войны в Японии было создано секретное агентство, специализирующееся на борьбе с терроризмом и экстремизмом. Задача была крайне сложной, поэтому для ее выполнения были отобраны только опытные профессионалы. Оказалось, что истинными мастерами своего дела являются ниндзя. Вначале они работали только на территории Японии, но спустя несколько лет агентство стало мировым, выполняя операции по всему миру. В настоящее время число сотрудников организации достигает двадцати тысяч человек.
Один из таких сотрудников - главный герой аниме, Кудо. Он ученик старшей школы, к моменту присоединения к агентству ему было всего семнадцать лет. Кудо несправедливо сопровождается неудачами, но несмотря на это, он прилагает все усилия, чтобы стать одним из лучших ниндзя. Его поддержка весьма ограничена, а интенсивные тренировки оставляют его изнуренным. Тем не менее, его мечта вполне осуществима, но только если он не забудет о своих учебных обязанностях и повседневных делах дома. Поэтому наш главный герой работает на две ставки и испытывает трудности в выполнении своих обязанностей.