После вступления Макото Юки в студенческую обитель частной академии Гэккокан, его обыденная жизнь перевернулась с ног на голову. Внезапно на него напал загадочный монстр, известный как Тень, пробудив в нем невероятные способности - возможность призывать Персоны, сверхъестественные сущности. Увидев в Макото потенциал, недоступный обычным студентам, члены секретного клуба SEES, посвятившего себя борьбе с загадочными Тенями, предложили ему присоединиться к их рядам. Изначально отчужденный и безразличный, Макото принял это предложение без особого энтузиазма. Но со временем он начал почувствовать глубокую связь с новыми друзьями, с которыми ему предстоит сражаться в этой непростой борьбе.
Лето приближается, и несмотря на то, что битва с Тенью далека от завершения, расследование только набирает обороты. Друзья из SEES ищут новые пути, чтобы окончательно покончить с "Темным часом". В этот период Макото сталкивается с внутренним конфликтом, где сохранение своего уникального места сталкивается с необходимостью борьбы с мрачной угрозой. Он ощущает, что может потерять единственное место, которое объединяет его со всеми этими людьми, и сталкивается с возрастающей сложностью в поисках баланса между этими двумя аспектами своей жизни.