Вечереет, и Кероро с Фуюки возвращаются домой после долгого дня. Но вместо спокойного отдыха они случайно натыкаются на скрытое святилище. Неразумно решив взяться за изучение загадочной сферы, они наносят ей ущерб, и свет, исходящий из нее, начинает меняться. Утром Кероро обнаруживает на своем лице странный символ "Икс". Оказывается, он не единственный - этот символ появился на лицах всех жителей Токио, включая семью Хинаты и членов отряда. Скоро становится ясно, что это необычное явление - не просто дар, а часть древнего заговора, простирающегося сквозь время и пространство.
Под воздействием загадочного "Икс" жизнь обитателей Токио меняется, принимая загадочные формы. Трансформации происходят каждый день, и все больше людей становятся частью чего-то гораздо более глубокого, чем они могли себе представить. В то же время военный отряд пытается раскрыть тайны, связанные с этим символом. История уносит нас в века назад, пересекая границы времени и пространства, чтобы раскрыть невероятные тайны, затрагивающие не только текущее поколение, но и весь мир. Вихрь удивительных событий увлекает нас в свои объятия.