Мадока, молодая девушка с непокорным духом, решила сыграть на поле Вселенной и изменить его в свою пользу. Ее амбиции привели к полной реконструкции мира, оставив Хомуру в отрыве от родного окружения и погрузив в совершенно новую реальность. Но не только главная героиня столкнулась с проблемами; большинство людей оказались на грани отчаяния, когда мир стал непредсказуемым и опасным. Призрачные существа проникли в человеческий мир, а мирная и спокойная жизнь стала недоступной.
Главные героини осознают, что произошло что-то ужасное с Вселенной, но не могут понять, что именно привело к таким переменам. Они ощущают беспокойство и принимают решение исследовать происходящее. Но они даже не представляют, какая опасность поджидает их. С каждым шагом на пути поиска истины, они сталкиваются с ужасом, который превосходит их ожидания. В этот момент появляется Нагиса Момоэ, волшебница, которая может оказать влияние на ход событий. Но сможет ли она изменить ход ужасной судьбы, которая ожидает героинь?