Сюжет этого аниме разворачивается после того, как прошел турнир "Священный Путь" в предыдущей части. Наш главный герой Тэнма возвращается в свою среднюю школу, но оказывается, что все изменилось. Никто больше не играет в футбол, и школа теперь совсем не похожа на ту, что он знал. Но когда Тэнма встречает Альфу, капитана команды "Протокол Омега", он понимает, что оказался в параллельном мире. В этом мире Альфа является частью секретного проекта по уничтожению футбола в будущем.
Чтобы помочь Тэнме в его приключениях, команда из предыдущей части аниме переделывает свой фургончик в удивительную летающую машину времени. Теперь Тэнма может путешествовать по времени и пространству, чтобы исправить прошлое и спасти будущее футбола. Вместе с Альфой и остальными участниками команды, они отправляются в захватывающие приключения, сталкиваясь с опасностями и раскрывая тайны, которые изменят их мир навсегда.