В январе 2118 года главный инспектор Бюро общественной безопасности, Аканэ Цунэмори, сталкивается с инцидентом на иностранном судне. Вместе с руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, Ацуси Синдо, они отправляются на место происшествия, но расследование передаётся Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом. На корабле они обнаруживают мертвую Доктор Милицию Стронскую, которая была приглашена Ацуси на встречу. За инцидентом стоит организация "Нарушители мира", которую Исполнительный отдел преследует уже долгое время.
Первый отдел департамента уголовного розыска выясняет, что "Нарушители мира" нацелились на исследование доктора Стронской, известное как "Документ Стронской". Вместе с Департаментом поведенческих расследований они создают команду для совместного расследования. В этой команде они встречают бывшего беглеца из Бюро общественной безопасности, Шинью Когами. С помощью Дзёдзи Сайги, последнего, кто общался с доктором Стронской, команда отправляется в Дэдзиму, чтобы получить документ. В ходе расследования Аканэ и Когами сталкиваются с неожиданно крупным делом, связанным с "документом Стронской". Вскоре будет раскрыта скрытая истина, способная потрясти японское правительство и систему "Сибилла". Это нерассказанная история, которая станет связующим звеном между "Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства" и "Психо-Пасс 3".