Человечество стоит перед уничтожением, охотясь за ним негуманоидная раса, известная как Гауны. Выжившие люди на борту гигантских кораблей-колоний, таких как «Сидония», покинули родную Землю, отправившись в бесконечное путешествие по космосу в поисках нового приюта. Время от времени они останавливаются, чтобы собрать ресурсы, но всегда находятся в тени угрозы Гаунов.
Тем не менее, ученые разработали специальное оружие и военные освоили его, чтобы защитить выживших от агрессии чужеродной расы. Нагатэ Таникадзэ провел свою жизнь в нижних уровнях одного из космических кораблей, избегая контактов с другими людьми, и имея только Хироки Сайто, который называл себя его дедом, в качестве единственного опекуна. Однако, смерть родственника и голод вынудили Нагатэ покинуть свое убежище. Теперь его навыки пилотирования, приобретенные на старом тренажере, станут неоценимым вкладом в борьбу всего «Сидонии» против беспощадных Гаунов.